Farmaceutski fakultet Sveučilišta u Mostaru svoju djelatnost obavlja kroz Znanstveno-nastavno vijeće i stručne službe Fakulteta, koje čine Dekanat: tajništvo, studentska služba, financijsko računovodstvena služba i Ured za međunarodnu suradnju.

Tijela Uprave Farmaceutskog fakulteta su dekan i Znanstveno-nastavno vijeće.  Znanstveno-nastavno vijeće je akademsko tijelo, nadležno i odgovorno za pitanja iz svoje ovlasti. Vijeće čine nositelji kolegija, predstavnici asistenata i predstavnici studenata.