Misija ovog Fakulteta je osigurati kontinuirano obrazovanje i osposobljavanje studenata, budućih ljekarnika, koji doprinose  zdravstvenoj zaštiti pacijenata koristeći principe i metode farmaceutskih i srodnih prirodnih znanosti. Studenti farmacije, također, stječu znanja i vještine za aktivno sudjelovanje u promociji zdravlja, prevenciji i liječenju bolesti. Fakultet ima vodeću ulogu u kontinuiranom profesionalnom, znanstvenom i etičkom obrazovanju i razvoju farmaceuta.

Vizija Fakulteta je izrasti u modernu  i prepoznatljivu instituciju koja će se moći usporediti sa srodnim institucijama u BiH, ali i šire. Obrazovati vrhunske stručnjake u području farmacije i medicinske biokemije koji će svojim djelovanjem bitno unaprijediti zaštitu zdravlja te osigurati mjesto magistra farmacije kao ravnopravnog člana zdravstvenog tima.

Fakultet će biti institucija koja se kontinuirano  usavršava, mijenja i poboljšava sa aspekta studijskog programa, istraživanja i kadrova, te kao takva će biti prepoznata kao poželjna i pouzdana visokoobrazovna institucija.

Strategija dokument: strategija razvoja SUM